Aunque la mayor parte de las opiniones referentes al diluvio del génesis bíblico-mesopotámico, se inclinen a pensar que tiene un origen mítico, el estudio científico no está totalmente de acuerdo de que absolutamente todos los aspectos del mito no sean reales.En este sentido, los registros bíblicos son el único registro que especifica lugares y periodos bien definidos que se pueden utilizar para un análisis científico. Un ejemplo de ello es que según la historia descrita en la Biblia, la zona donde se ha posado el arca de Noé, habría sido el monte Ararat (mas detalladamente, en la biblia está escrito en plural: "Reposó el arca en el mes séptimo, a los diecisiete días del mes, sobre los montes Ararat" , el cual queda en Turquía y presenta dos picos elevados. Sin embargo, hay que tener en consideración de que la geología y otras ciencias han descartado que haya ocurrido un diluvio o inundación mundial que haya abarcado todo el planeta. Aun si, el mito del diluvio del génesis bíblico-mesopotámico, sí permite postular científicamente que haya sucedido un posible diluvio o inundación, pero ocurrido solo en una zona geográfica específica del planeta.Debido a ello hay varias hipótesis que, en efecto indican que en un período temprano de la existencia del ser humano, cuando ya existía el lenguaje, sucedió posiblemente alguna clase de catástrofe natural que se puede asociar a una inundación o diluvio que, aunque no abarcó todo el planeta, sí pudo haber sido el origen del mito. De este modo en este tipo de hipótesis se podría incluir:
* La propuesta por los geólogos William Ryan y Walter Pitman, de la Universidad de Columbia, sobre la inundación del mar Negro, que durante la última era glacial puede haber sido un lago de agua dulce cuyo nivel bajó considerablemente. Al terminar la era glacial, con el aumento del nivel de los océanos, la estrecha franja de tierra que lo separaba del mar Mediterráneo se habría erosionado causando una inundación catastrófica en toda la cuenca del mar Negro, que habría aumentado su nivel e inundado grandes extensiones de superficie en tal vez unas pocas semanas. Existen pruebas convincentes de que esta inundación del mar Negro sí ocurrió, pero el que sea el recuerdo de este hecho el que dio origen a las historias del Diluvio es mucho más incierto y controvertido.
* Las hipótesis que asocian este mito a las crecidas de los ríos en los que se desarrollaron las primeras civilizaciones y el recuerdo que las crecidas de tipo catastrófico debieron dejar en las primeras comunidades urbanas del Tigris y el Éufrates. En este sentido existe una amplia tradición local, aunque al igual que la hipótesis del Mar Negro, asociar estas hipótesis con el diluvio del Génesis bíblico-mesopotámico, es un hecho también incierto.
* Según otra corriente de opinión, el mito del diluvio universal pudo responder, en su origen, solo a la necesidad de explicar ciertas observaciones y evidencias geológicas y paleontológicas, en un contexto cultural previo al actual análisis científico; análisis que descarta estas observaciones como prueba de un diluvio universal, al probar que tienen otro origen científico. Estas observaciones que equivocadamente pudieron dar origen a este mito serían, por ejemplo, las siguientes: el hallazgo de fósiles de animales y plantas, en grandes acumulaciones (extinción masiva); fósiles de origen marino (peces, equinodermos, moluscos...) encontrados a mucha distancia del agua o a una gran altitud sobre el nivel del mar; fósiles de seres extintos; icnitas, es decir huellas de pisadas sobre barro fresco; ripple-marks (ver ondulitas); estratos de rocas sedimentarias que denotan o bien un proceso lento incompatible con la creencia en una Creación reciente, o bien un proceso catastrofista muy rápido y la existencia de conglomerados (ver roca detrítica ) con cantos rodados similares a los de origen fluvial. Esta hipótesis postularían que este origen del mito sería reforzada por la supuesta universalidad del mito del diluvio, común a muchas civilizaciones inconexas con la judeo-mesopotámica.
* Se ha teorizado que el Diluvio pudo ser en realidad un tsunami mediterráneo producido por el estallido del volcán Etna en la ribera oriental de Sicilia. Una investigación publicada en 2006 sugiere que esto ocurrió alrededor del año 6000 A. de C., y causó un enorme tsunami que dejó su marca en varios lugares del Mar Mediterráneo oriental, por ejemplo en el asentamiento de Atlit Yam (Israel), hoy día bajo el nivel del mar, que fue abandonado repentinamente alrededor de esa época.
* En el siglo XX fueron encontrados en la cumbre del monte Ararat restos de una embarcación, que según los estudios tienen por lo menos 4.000 años de antigüedad, lo que podría ser una confirmación de un diluvio o inundación a gran escala.
