Obras El Carro de Heno (Madrid, Museo del Prado; obra discutida, según el análisis dendrocronológico se situaría entre 1510 y 1516; otra versión en El Escorial, hacia 1516).
La Adoración de los Reyes, obra del círculo del Bosco, (Nueva York, Museo Metropolitano de Arte).
Ecce Homo, 1476 o más tarde, (Fráncfort del Meno, Städelsches Kunstinstitut)
Ecce Homo (El Bosco, Filadelfia), Museo de Arte de Filadelfia, Filadelfia. Colección John G. Johnson. Obra incorrectamente atribuida. El análisis dendrocronológico indica que la tabla se pintó después de 1557.
El Jardín de Las Delicias, 1480-1490 (Madrid, Museo del Prado).
Tríptico del Juicio de Viena, hacia 1482 (Viena, Academia de Bellas Artes)
San Jerónimo en oración, hacia 1482 (Gante, Museum voor Schone Kunsten)
Crucifixión con donante (Bruselas, Museos reales de Bellas Artes de Bélgica)
La coronación de espinas o Los Improperios, hacia 1485 (Londres, National Gallery)
Tríptico de la Adoración de los Reyes, 1485-1500 (Madrid, Museo del Prado).
Tríptico del Juicio de Brujas, hacia 1486, con participación del taller (Brujas, Groeningemuseum)
San Juan Bautista en meditación, hacia 1489, ala del retablo de la cofradía de Nuestra Señora (Madrid, Fundación Lázaro Galdiano)
San Juan en Patmos (anverso) e Historias de la Pasión (anverso y reverso), hacia 1498, alas del retablo de la cofradía de Nuestra Señora (Berlín, Staatliche Museen zu Berlin, Preussischer Kulturbesitz, Gemäldegalerie)
Cuatro postigos con la Visión del Más Allá: El Paraíso terrenal; la Ascensión al Empíreo; la Caída de los Condenados y El Infierno, hacia 1490 (Venecia, Palacio Ducal)
Tríptico de los ermitaños o El retablo de los eremitas, hacia 1493 (Venecia, Palacio Ducal)
El vendedor ambulante (Rotterdam, Museo Boymans Van Beuningen)
La Nave de los locos (París, Museo del Louvre)
La muerte de un avaro (Washington, Galería Nacional de Arte, col. Samuel H. Kress)
Extracción de la piedra de la locura hacia 1494 o más tarde (Madrid, Museo del Prado).
San Cristóbal (Rotterdam, Museum Boymans van Beuningen)
La Crucifixión de Santa Julia, hacia 1497, (Venecia, Palacio Ducal)
Cristo con la cruz a cuestas, hacia 1498 (Madrid, Monasterio de San Lorenzo del Escorial)
Cristo con la Cruz a cuestas (El Bosco, Gante) (Museo de Bellas Artes de Gante, Bélgica. Obra debatida, entre 1510 y 1535).
La Adoración de los Reyes hacia 1518, seguidor o imitador del Bosco (Filadelfia, Philadelphia Museum of Art, col. John G. Johnson.)
Cristo con la cruz a cuestas (Viena, Kunsthistorisches Museum)
Las Tentaciones de san Antonio (Madrid, Museo del Prado)
Los siete pecados capitales (Madrid, Museo del Prado)
Tríptico de las Tentaciones de san Antonio, 1501 o más tarde, (Lisboa, Museu Nacional de Arte Antiga)
El Prestidigitador hacia 1503, con participación del taller, (Saint-Germain-en-Laye, Museo Municipal)
Tablas del Diluvio (Rotterdam, Museo Boymans van Beuningen)
Tríptico de los Improperios (Valencia, Museo de Bellas Artes San Pío V). Realizado entre 1510-1520 por el taller de El Bosco, colaborando el artista en él.
La coronación de espinas (Madrid, Monasterio de San Lorenzo del Escorial. Obra de un seguidor o imitador; el análisis dendrocronológico indica una fecha de ejecución entre 1527 y 1533).