ArgumentoLa historia comienza con el padre Andrew Kiernan (Gabriel Byrne), ex científico y sacerdote jesuita, el cual investiga supuestos milagros. Durante una de sus investigaciones en la que la estatua de la Virgen María llora sangre, se producirá el funeral del padre Paulo Alameida (Jack Donner). Mientras Andrew está recogiendo pruebas, un niño roba el rosario de cuentas de la mano del difunto. El muchacho después lo vende a una mujer en un mercadillo que lo envía a su hija atea Frankie Paige (Patricia Arquette) que vive en Pittsburgh.
Esta joven es la protagonista de la película, una chica extrovertida y vitalista de veintitrés años que trabaja de peluquera. Se trata de una joven normal que mantiene buenas relaciones con sus compañeras de trabajo y que parece tener una vida sencilla e idílica. Todo cambiará una noche cuando Frankie tome un baño, cuando después de ser atacada por una fuerza invisible sobrenatural, le aparezcan unas heridas o agujeros que traspasan por completo en sus muñecas. Esta atrocidad será tratada en el hospital pero tanto los médicos como los psicólogos no sabrán sustraer una posible explicación a tan misterioso y a la vez que horrible acontecimiento.
Para investigar sobre este caso que desde un primer momento se relaciona con la religión católica y los estigmas o heridas de Cristo antes de ser crucificado, será enviado entonces Andrew Kierman que intentará llevar a cabo una entrevista con la joven. Este hombre, cuya verdadera misión corresponde a la de desmontar falsos milagros y verificar fenómenos a los que no se encuentran explicación, desde un primer momento no creerá en que la peluquera estigmatizada sufra las heridas en vida de Cristo antes de su crucifixión.
Pero el extraño fenómeno no se detiene. Mientras la joven vuelve a su casa después del trabajo junto a su mejor amiga, el metro en el que viajan sufre una violenta sacudida y, como había ocurrido en la bañera de su casa, a Frankie le aparecerán otras heridas. Esta vez se producen en su espalda, como si bien fueran latigazos. De esta situación es testigo otro sacerdote presente en el mismo vagón que la protagonista. Mientras tanto, todo ha sido grabado por la cámara de videovigilancia. Mientras ella es hospitalizada de nuevo, estas cintas son enviadas al Vaticano que sospecha que en el caso de la joven peluquera ocurre algo en relación con el estigma.
Cuando se vuelve a producir el encuentro entre Andrew y Frankie, éste le explica a la muchacha lo que son los estigmas, las heridas que recibe una persona que tiene una profunda devoción a Cristo y que es golpeada con las cinco heridas que él recibió en su día antes de morir. Hasta el momento y si eso es lo que realmente le ocurre a ella, la joven tan solo ha recibido dos señales que son acompañadas a su vez de terribles visiones.
Como tercera herida, la mujer sufrirá cortes en su cabeza debido a la corona de espinas mientras se encuentra en una discoteca. Aturdida y asustada saldrá de este lugar para ser seguida por Andrew, que la estaba buscando. La huida terminará en un callejón donde poseída y con una botella rota, Frankie escribirá unas palabras en un idioma extraño encima del capó de un coche antes de gritarle a él otras palabras también en un idioma extraño. Andrew la llevará a la iglesia donde vive el padre Derning. Momentos después en la básilica del Vaticano se considerará que la lengua que ella ha utilizado en el callejón es el arameo.
Frankie vuelve a su apartamento pero cuando Andrew se dispone a hacerle una visita la descubrirá nuevamente poseída escribiendo en una de las paredes de su casa un mensaje en otro idioma. Después de este extraño acontecimiento, ella saldrá a la calle nuevamente aturdida y él volverá a seguirla. Los dos personajes acaban teniendo una conversación amistosa en una cafetería al aire libre pero será en este momento cuando ella recibe la cuarta señal de estigma: las heridas producidas por clavos en los pies.
El mensaje escrito por la Frankie poseída en su apartamento parece ser la clave para que el Vaticano se inquiete. Cuando Andrew envía fotografías de dichas palabras al Vaticano, el hermano Delmonico las reconocerá y se las mostrará a otros sacerdotes que también relacionarán dicho material como una muestra del documento encontrado y que parecía ser un nuevo evangelio. Esta situación hará que el mismo Delmonico se ponga en contacto con otros personajes para confirmar que dicho nuevo evangelio ha sido encontrado.
Andrew volverá al apartamento de la protagonista para descubrir que ella ha borrado dicho mensaje. Más tarde, después de mostrarse violenta con él, la joven volverá a ser poseída. Ante la mirada atónita del hombre, ella se infringe heridas más profundas en sus muñecas y finalmente acaba levitando como si estuviera colgada en la cruz. Tras este momento ella será llevada a otra iglesia pero Andrew no abandonará la investigación y será informado sobre dicho nuevo evangelio que la posesión de la chica ha dado a conocer, siendo un documento que se dice que fue escrito con las mismas palabras de Jesucristo y que fue robado de las manos de Delmonico y otros sacerdotes que lo estaban traduciendo. La importancia del descubrimiento recae en que dicho documento podría hacer peligrar el futuro de la iglesia católica.
Tras esta revelación, Andrew descubrirá que los personajes de Darío y Houseman están intentando llevar a cabo un exorcismo a Frankie para más tarde estrangularla ya que al parecer el espíritu que la había estado poseyendo era el del padre Alameida que también había sufrido estigmas, siendo ésta la razón de las heridas de la protagonista. Andrew salvará a Frankie de la posesión y se ofrecerá al espíritu del sacerdote para ser el mensajero. Tiempo después, el mismo personaje encontrará bajo tablas de la iglesia del mismo sacerdote los verdaderos documentos que se corresponden al auténtico evangelio (considerado en la película como el evangelio de Santo Tomás).
