Botticelli realizó entre 150 y 180 obras. Pinta numerosas obras religiosas, así como grandes composiciones profanas, mitológicas. También ha pintado varios retratos de sus mecenas, que no cuentan con la belleza, la mística, la luminosidad y el espíritu de sus otras composiciones.
El principal museo que contiene obras de este artista es la Galería de los Uffizi de Florencia (Italia), cuyas famosas obras se exponen en las salas 10-14 y son, para muchos, lo mejor de la galería. No obstante, hay otros museos que contienen obras de este artista.
* Virgen con el Niño y ángel (1465-67) -Temple sobre tabla, 87 x 60 cm, Spedale degli Innocenti, Florencia
# Adoración de los magos (1465-67) -Temple sobre tabla, 50 x 136 cm, National Gallery, Londres
# Adoración de los magos (1465-67) -Temple sobre tabla, diámetro 131,5 cm, National Gallery, Londres
# La Virgen y el Niño con dos ángeles y san Juanito (1465-70) - Temple sobre tabla, 85 x 62 cm, Galleria dell Accademia, Florencia
# Virgen con el Niño y ángel (después de 1465) - Temple sobre tabla, 110 x 70 cm, Musée Fesch, Ajaccio
# Virgen con el Niño (h. 1467) - Temple sobre tabla, 71,6 x 51 cm, Musée du Petit Palais, Aviñón
# Virgen de la galería (1467) - Temple sobre tabla, 72 x 50 cm, Galería de los Uffizi, Florencia
# Virgen con el Niño y dos ángeles (1468-70), - Temple sobre tabla, 100 x 71 cm, Museo de Capodimonte, Nápoles
# La Virgen en la Gloria con serafines (1469-70) - Temple sobre tabla, 120 x 65 cm, Uffizi, Florencia
# Virgen con el Niño (Virgen del rosal) (1469-70) - Temple sobre panel, 124 x 65 cm, Uffizi, Florencia
# Historias de la Magdalena - Comunión y Asunción (1470), - Temple sobre tabla, 18 x 42 cm, Philadelphia Museum of Art, la colección Johnson, Filadelfia
# La Fortaleza (1470) - Temple sobre tabla, 167 x 87 cm, Uffizi, Florencia
# Retrato de un joven (h. 1470) - Temple sobre tabla, 51 x 33,7 cm, Palacio Pitti, Florencia
# La Virgen y el Niño con seis santos (Retablo de san Ambrosio) (h. 1470) - Temple sobre tabla, 170 x 194 cm, Uffizi, Florence
# Virgen con el Niño y un ángel (Virgen de la Eucaristía) (1470-1472) - Temple sobre tabla, 84 x 64,5 cm, Museo Isabella Stewart Gardner, Boston
# Díptico Historias de Judit (1470-72), Uffizi, Florencia:
* Regreso de Judit a Betulia - Temple sobre tabla, 31 x 25 cm
* Descubrimiento del cadáver de Holofernes - Temple sobre madera, 31 x 25 cm
# San Sebastián (1474) - Temple sobre tabla, 195 x 175 cm, Staatliche Museen, Berlín
# La Adoración de los Reyes (1475) -Temple sobre tabla, 111 x 134 cm, Uffizi, Florencia
# Retrato de hombre con la medalla de Cosme el Viejo (1475) - Temple sobre tabla, 57,5 x 44 cm, Uffizi, Florencia
# La adoración de los magos (1475), G. Uffizi
# Retrato de Esmeralda Brandini (h. 1475) - Temple sobre tabla, 65,7 x 41 cm, Museo Victoria y Alberto, Londres
# Retrato de una joven (h. 1475) - Temple sobre tabla, 61 x 40 cm, Palacio Pitti, Florencia
# Retrato de Juliano de Médicis (h. 1475) - Temple sobre tabla, 54 x 36 cm, Accademia Carrara, Bérgamo
# Virgen y Niño (h. 1475) - Temple sobre tabla, Art Institute, Chicago
# Catalina de Alejandría, retrato de Caterina Sforza (h. 1475) - Lindenau-Museum, Altenburgo
# Natividad con san Juanito (1476-77) - Pintura mural desprendida, 200 x 300 cm, Santa María Novella, Florencia
# Retrato de Juliano de Médicis (1476-77) - Temple sobre tabla, 75,6 x 36 cm, Galería Nacional de Arte, Washington
# El nacimiento de Cristo, (1476-77) - Fresco, 200 x 300 cm, Santa Maria Novella, Florencia
# Retrato de Juliano de Médicis (1478) - Tabla, 54 x 36 cm, Gemäldegalerie, Berlín
# Retrato de Juliano de Médicis (h. 1478) - Temple sobre tabla, 54,5 x 36,5 cm, colección Crespi, Milán
# Virgen y Niño con ocho ángeles (h. 1478) - Temple sobre tabla, diámetro 135 cm, Gemäldegalerie, Berlín
# La anunciación (h. 1479) - Temple sobre tabla, 19 x 30 cm. Colección Hyde, Glens Falls
# San Agustín en su gabinete (1480) - Fresco, pintura mural desprendida, 152 x 112 cm, Iglesia de Ognissanti, Florencia
# Virgen del libro (1480-81) - Temple sobre tabla, 58 x 39,5 cm, Museo Poldi Pezzoli, Milán
# Retrato de una joven (1480-85) - Temple sobre madera, 82 x 54 cm, Instituto Städel, Fráncfort del Meno
# Retrato de una joven (posterior a 1480) - Óleo sobre tabla, 47,5 x 35 cm, Gemäldegalerie, Berlín
# Anunciación (Anunciación de San Martino alla Scala) (1481) - Pintura mural drespendida, 243 x 555 cm, Uffizi, Florencia
# Virgen del Magnificat (1481) - Temple sobre tabla, diámetro 118 cm, Uffizi, Florencia
# Alegoría de la Primavera (1481-82) - Temple sobre tabla, 203 x 314 cm, Uffizi, Florencia
* La adoración de los magos (1481-82) - Temple sobre tabla, 70 x 103 cm, Galería Nacional de Arte, Washington DC.
* Frescos en los muros laterales de la Capilla Sixtina, Ciudad del Vaticano (1481-82):
o Pruebas de Moisés - Pintura mural, 348,5 x 558 cm
o Castigo de los rebeldes - Pintura mural, 348,5 x 570 cm
o Pruebas de Cristo - Pintura mural, 345,5 x 555 cm
* Palas doma al centauro (1482-83) - Temple sobre lienzo, 207 x 148 cm, Uffizi, Florencia
* Retrato de un joven (h. 1482-83) - Temple sobre tabla, 41 x 31 cm, Galería Nacional de Arte, Washington, D.C.
* Venus y Marte (1483) - Temple sobre tabla, 69 x 173 cm, National Gallery, Londres
* La historia de Nastagio degli Onesti (1483):
o Nastagio degli Onesti I - Temple sobre tabla, 83 x 138 cm, Museo del Prado, Madrid
o Nastagio degli Onesti II - Temple sobre tabla, 83 x 138 cm, Museo del Prado, Madrid
o Nastagio degli Onesti III - Temple sobre tabla, 83 x 138 cm, Museo del Prado, Madrid
o Nastagio degli Onesti IV - Temple sobre tabla, 84 x 142 cm, Colección privada
* Retrato de un joven (h. 1483) - Temple sobre tabla, 37,5 x 28,2 cm, National Gallery, Londres
* Ciclo de Villa Lemmi: Venus ofrece dones a una joven (1483-86?) - Pinturas murales desprendidas y trasladadas, 211 x 284 cm, Museo del Louvre, París
* La Virgen y el Niño entronizados (Retablo Bardi) (1484) - Temple sobre tabla, 185 x 180 cm, Gemäldegalerie, Berlín
* Nacimiento de Venus (1484) - Temple sobre lienzo, 184,5 x 285,5 cm, Uffizi, Florencia
* Virgen con el Niño y seis ángeles (Virgen de la granada) (1487)- Temple sobre tabla, diámetro 143,5 cm, Uffizi, Florencia
* Virgen entronizada con el Niño, santa Catalina de Alejandría, san Agustín, san Bernabé, san Juan Bautista, san Ignacio y san Miguel Arcángel (Pala de San Bernabé) (1487) - Temple sobre tabla, 268 x 280 cm, Uffizi, Florencia
o Predela con Cristo muerto - Temple sobre tabla, 21 x 41 cm, Uffizi, Florencia
* La Virgen y el Niño, San Juan y un ángel (h. 1488) - Museo Nacional de Varsovia, Polonia
* La visión de san Agustín (h. 1488) - Temple sobre tabla, 20 x 38 cm, Uffizi, Florencia
* Cristo en el sepulcro (h. 1488) - Temple sobre tabla, 21 x 41 cm, Uffizi, Florencia
* Salomé con la cabeza de san Juan Bautista (h. 1488) - Temple sobre tabla, 21 x 40,5 cm, Uffizi, Florencia
* Extracción del corazón de san Ignacio (h. 1488) - Temple sobre tabla, 21 x 40,5 cm, Uffizi, Florencia
* Coronación de la Virgen con san Juan Bautista, san Agustín, san Jerónimo y san Eligio (Pala de San Marcos) (1488-1490) - Temple sobre tabla, 378 x 258 cm (pala) y 21 x 269 cm (toda la predela) Uffizi, Florencia
* Anunciación de Cestello (1489) - Temple sobre tabla, 240 x 235 cm, Uffizi, Florencia
* Anunciación (h. 1490) - Temple sobre tabla, 49,5 x 58,5 cm, Museo Kelvingrove, Glasgow
* La Virgen adorando al Niño (h. 1490) - Temple sobre tabla, diámetro 59,6 cm, Galería Nacional de Arte, Washington DC
* Retrato de Michelle Marullo (h. 1491) - Temple sobre lienzo transferido de madera, 49 x 35 cm, Colección privada (en préstamo en el Museo del Prado, Madrid)
* Anunciación (1490-93) - Temple sobre tabla, 23,9 x 36,5 cm, Museo Metropolitano de Arte, Nueva York
* San Agustín en su gabinete (1490-95) - Temple sobre tabla, 41 x 27 cm cm, Uffizi, Florencia
* Retrato de Lorenzo di Ser Piero Lorenzi (1490-95) - Temple sobre tabla, 50 x 36,5 cm, Museo de Arte de Filadelfia, Filadelfia
* La Virgen y el Niño con san Juan Bautista Niño (1490-1500) - Temple sobre madera, diámetro 74 cm, Museo de Arte de São Paulo, São Paulo, Brasil
* Santísima Trinidad (Palla delle Convertite) (1491-93) - Temple sobre tabla, 215 x192 cm, Courtauld Institute Galleries, Londres
* Piedad con san Jerónimo, san Pablo y san Pedro (1492) - Temple sobre tabla, 140 x 207 cm, Alte Pinakothek, Munich
* Virgen con el Niño y tres ángeles (Virgen del pabellón) (h. 1493) - Temple sobre tabla, diámetro 65 cm, Pinacoteca Ambrosiana, Milán
* La Piedad (1495) - Temple sobre tabla, 107 x 71 cm, Museo Poldi Pezzoli, Milán
* Virgen con el Niño y san Juanito (1495) - Temple sobre tabla, 134 x 92 cm, Galería Palatina del Palacio Pitti, Florencia
* La Calumnia (1495) - Temple sobre tabla, 62 x 91 cm, Uffizi, Florencia
* Última comunión de san Jerónimo (h. 1495) - Temple sobre tabla, 34,5 x 25,4 cm, Museo Metropolitano de Arte, Nueva York
* Retrato de Dante (h. 1495) - Temple sobre lienzo, 54,7 x 47,5 cm, Colección privada
* Judit abandona la tienda de Holofernes (1495-1500) - Temple sobre tabla, 36,5 x 20 cm, Rijksmuseum, Ámsterdam
* Crucifixión (h. 1497) - Temple sobre lienzo, 73,5 x 50,8 cm, Museo de arte Fogg, Universidad de Harvard, Cambridge (Massachusetts)
* La Oración del Huerto (1498-1500) - Temple sobre tabla, 53 x 35 cm, Capilla Real, Granada
* La Adoración de los Reyes (1500) - Temple ? sobre tabla, 107,5 x 173 cm, Uffizi, Florencia
* Cristo coronado de espinas (h. 1500) - Temple sobre tabla, 47,6 x 32,3 cm, Accademia Carrara, Bérgamo
* Transfiguración, san Jerónimo, san Agustín (h. 1500) - Temple sobre tabla, 27,5 x 35,5 cm, Palazzo Pallavicini-Rospigliosi, Roma
* Historias de Virginia (1500-1504) - Temple sobre tabla, 86 x 165 cm, Accademia Carrara, Bérgamo
* Historias de Lucrecia (1500-1504) - Temple ? sobre tabla, 80 x 130 cm, Museo Isabella Stewart Gardner, Boston
* Cuatro cuadros sobre la Vida de san Cenobio (1500-1505):
o Bautismo de san Cenobio y su ordenación como obispo - Temple sobre tabla, 66,5 x 149,5 cm, National Gallery, Londres
o Tres milagros de san Cenobio - Temple sobre tabla, 65 x 139,5 cm, National Gallery, Londres
o Tres milagros de san Cenobio - Temple sobre tabla, 67 x 150,5 cm, Museo Metropolitano de Arte, Nueva York
o Último milagro y muerte de san Cenobio - Temple sobre tabla, 66 x 182 cm, Gemäldegalerie, Dresde
* Natividad mística (1501) - Temple sobre tabla, 108,5 x 75 cm, National Gallery, Londres